Фосфоритовые породы формируются при выветривании более древних фосфоритовых пород, при эпигенетической инфильтрации фосфатов в другие породы и особенно путем отложения осадков, богатых фосфором, на дне моря или на поверхности суши.
Месторождения фосфоритов появляются во время выветривания за счет накопления фосфатов при выщелачивании фосфоритовых известняков или скоплений галек, образованных при размыве более древних фосфоритов.
Инфильтрационные месторождения фосфоритов формируются путем попадания растворенных фосфатов из вышележащих осадочных толщ и замещения ими других пород, обычно известняков. Таким образом появились залежи фосфорсодержаших пород в коралловых известняках, под скоплениями гуано, и различные крупные месторождения фосфоритов в древних осадочных породах.
Гораздо больше получили распространение фосфориты, образованные при отложении осадков. Фосфориты редко когда появляются в материковых условиях (залежи гуано, костяные брекчии) и представляют собой в основной массе случаев типично морские отложения. Они концентрируются в основном в илистых осадках путем химически выпавших из морской воды солей фосфора.
Конкреционные морские фосфаты появляются в еще не затвердевшем илу, именно благодаря стяжению соединений фосфора вокруг определенных центров. Поэтому в желваках фосфоритов сохраняются недеформированные органические остатки, сильно сплюснутые в прочей породе, из-за сокращения ее объема во время эпигенеза. Древесина иногда фосфатизируются до начала обугливания, т. е. вскоре по окончании ее отложения. Иногда морские фосфориты возникают по причине большого скопления фосфатных органических остатков (например, оболовые фосфориты Эстонии).
Морские фосфориты образуются, по-видимому, только лишь в воде с нормальной соленостью, они не имеются в отложениях лагун или пресноводных континентальных бассейнов.
Для платформенных фосфоритовых отложений особо отличительны остатки пелеципод, кремневых губок, брахиопод и гастропод. Отсутствуют кораллы, жизнь которых в данном участке морского дна была неосуществима благодаря обилию песчано-глинистой взвеси. Геосинклинальные фосфориты характеризуются едва ли не абсолютным отсутствием остатков донных организмов.
Разбор петрографических и фаунистических специфик фосфоритов указывает, на их образование на глубинах около 100 ± 50 м. Отложение фосфатов тут ассоциируется со скоплением тонкодисперсных химически выпавших карбонатов (доломита в древних и кальцита в молодых фосфоритах), а иной раз и коллоидной кремнекислоты.
Фосфоритовые отложения образуются последующим способом. После завершения отмирания пелагических планктонных форм их остатки спускаются сквозь толщу океанической воды, и содержащийся в них фосфор передается в раствор. Этому благоприятствует также внушительное количество растворенной углекислоты. При подъеме богатых углекислотой глубинных океанических вод в область шельфа проистекает уменьшение содержания углекислоты. Вследствие этого выпадает на дно и определенное количество фосфорнокислых солей, растворимость которых всецело обусловливается количеством растворенной углекислоты. Концентрация фосфора в образовавшихся осадках при прочих равных обстоятельствах определяется шириной шельфа.
Чем шире шельф, тем на большую площадь морского дна распределяются выпадающие из воды фосфаты и тем, следственно, в меньшей степени богаты фосфором донные отложения. Напротив, на узком шельфе формируются обстоятельства для внушительной концентрации солей фосфора, что и приводит к формированию фосфоритовых оолитов и пластовых залежей.